Pembentukan Jurusan Geografi FMIPA UI berawal pada tahun 1950-an yang dipelopori TNI Angkatan Darat – dalam hal ini Jenderal TNI Gatot Subroto – yang dilatarbelakangi oleh keinginan untuk menyediakan tenaga-tenaga ahli dalam pembuatan dan analisis peta bagi keperluan militer. Sejak diresmikan pada tanggal 27 Nopember 1959, semua aktivitas perkuliahan diadakan di Gedung Lembaga Geografi Jawatan Topografi (Jantop) TNI-AD yang berlokasi di Jl. Dr. Wahidin No 11, Gunung Sahari Jakarta Pusat. Pada masa itu Jurusan Geografi berada di bawah Fakultas Ilmu Pasti dan Pengetahuan Alam Universitas Padjajaran (FIPPA-Unpad) di Bandung di bawah pimpinan Dekan Prof. de Neve.
Berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 79 tanggal 8 Oktober 1966, pengelolaan Jurusan Geografi dialihkan ke Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia (FMIPA–UI) – yang pada saat itu masih berkedudukan di gedung Lembaga Eijkman (Departemen Kesehatan) di Jl. Diponegoro 69 sebagai bagian dari bangunan Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo – selanjutnya mendapatkan gedung baru bangunan 4 lantai di Kampus UI Jl. Salemba 4. Namun demikian, kegiatan perkuliahan dan administrasi pendidikan Jurusan Geografi baru terpusat di kampus Salemba pada tahun 1975. Dengan selesainya pembangunan Kampus Universitas Indonesia di Depok, Jawa Barat pada tahun 1987, kegiatan perkuliahan dan administrasi pendidikan Jurusan Geografi dipindahkan dari Salemba ke Depok. Di Depok, Jurusan Geografi menempati Lantai 1 dan 2 Gedung E FMIPA UI bersama dengan Jurusan Biologi di Lantai 3 dan 4.. Lingkungan kampus di Depok yang hijau dan asri menciptakan suasana yang kondusif bagi kegiatan perkuliahan.
Sejak awal pendiriannya, Jurusan Geografi telah menawarkan pendidikan Program Sarjana. Jumlah mahasiswa yang mendaftar pada angkatan pertama adalah lebih dari 100 orang, namun yang lulus tingkat persiapan hanya 10 orang dan yang berhasil meraih gelar sarjana hanya 6 orang, yaitu: Ahmad Ramli Sabirin, Ahmad Sayuti, Boesriati, Nazir Haryanto, Rahmat Bratamihardja, dan Razif Rifai. Sementara itu, pada angkatan kedua, dari 102 mahasiswa yang terdaftar hanya 15 orang yang lulus tingkat persiapan. Dan dari mereka yang lulus tersebut, hanya dua orang yang berhasil meraih gelar sarjana, yaitu: Asmarul Amri dan Wihatmo. Di masa angkatan mereka Harian Pedoman – Koran terbesar kala itu, pernah memberitakan kegiatan kuliah kerja lapangan mahasiswa Geografi FIPPA UNPAD di daerah Jawa Barat karena salah satu mahasiswinya adalah bernama Elly Kasim dikenal sebagai penyanyi tenar.
Ketua Jurusan Geografi pertama adalah Brigjen TNI (Purn) Drs. Azwar Hamid dengan Sekretaris Drs. Ahmad Sajoeti (1959 – 1975). Adapun yang bertindak sebagai pengajar adalah para perwira senior dari Jawatan Topografi TNI-AD dan beberapa ilmuwan antara lain seperti Prof. Dr. Ing. Soenaryo (Geodesi dan Sejarah Kartografi), Dra. Gouw Wie Fung (Kartografi), Dr. M. Achsan Sunartadirja (Geomorfologi), Drs. Boedio Basri (Geomorfologi dan Regional Asia Tenggara), Dr. I Made Sandy (Kartografi, Intepretasi Foto Udara, dan Tata Guna Tanah), Drs. Khoe Soe Khiam/Sasanasurya (Falsafah dan Metodologi Geografi), Dr.J. Bhatta – tenaga ahli Jantop TNI AD dari India (Demografi), Dr. Uka Tjandrasasmita (Antropologi Fisik/Budaya, Sejarah Indonesia), Ir. Soehoed dari Balai Penelitian Tanah Bogor (Ilmu Tubuh Tanah), Ir. Bambang Soelasmoro dan Ir. Roefaiki (Geologi), Mr. Samimi – kebangsaan Iran (Bah. Inggris), Prof. Dr. Moestopo (Pancasila). Selama masa jabatan Drs. Azwar Hamid, semua Tenaga Pengajar statusnya adalah Luar Biasa dan hampir semua berasal dari berbagai instansi pemerintah, namun dalam pengabdian mereka didukung oleh dua tenaga administrasi Ibu Liek Moertini dan Ibu Admiatun serta tiga petugas layanan kebersihan dengan status pegawai negeri. Perlu diketahui pula bahwa Ketua Jurusan Geografi Drs. Azwar Hamid semasa berpangkat Kolonel ditunjuk oleh Pemerintahan Soekarno menjadi Ketua Tim Ekspedisi Pendakian Puncak Cartenz (Jayawijaya) + 4884 meter dpl pada tahun 1964, ekspedisi berhasil dengan anggota a.l. Dr. I Made Sandy.
Selanjutnya, sejak tahun 1975, Drs. Boedio Basri dan Drs. Asmarul Amri bertindak sebagai pelaksana harian Jurusan Geografi hingga terpilihnya Dr. I Made Sandy sebagai Ketua Jurusan berikutnya pada tahun 1978. Pada tanggal 30 Maret 1988, Dr. I Made Sandy dikukuhkan sebagai Guru Besar Luar Biasa pada Jurusan Geografi FMIPA-UI. Selama 15 tahun menjabat sebagai Ketua Jurusan, Prof. Dr. I Made Sandy didamping oleh Sekretaris Jurusan Drs. Cholifah Bahaudin, MA (1978-1983), Drs. Djoni Sukanta (1982- 1985), dan Drs. Hari Kartono (1985–1993). Selanjutnya pada tahun 1993, Drs. Hari Kartono, MS menggantikan Prof. Dr. I Made Sandy sebagai Ketua Jurusan. Secara lebih lengkap, pejabat Ketua dan Sekretaris Jurusan Geografi FMIPA UI sejak tahun 1985 adalah sebagai berikut:
1985 – 1993 : Prof. Dr. I Made Sandy (Ketua) dan Drs. Hari Kartono (Sekretaris)
1993 – 1997 : Drs. Hari Kartono, MS (Ketua) dan Drs. Sugeng Rahardjo, MS (Sekretaris)
1997 – 2000 : Drs. Sugeng Rahardjo, MS (Ketua) dan Dra. Widyawati, MSP (Sekretaris)
2000 – 2004 : Dra. Widyawati, MSP (Ketua) dan Drs. Supriatna, MT (Sekretaris)
2004 – 2008 : Dr. re.nat. Eko Kusratmoko, MS (Ketua) dan Hafid Setiadi, S.Si, MT (Sekretaris)
2008 – 2010 : Dr. rer.nat. Eko Kusratmoko, MS (Ketua) dan Dr. Rokhmatuloh, M.Eng (Sekretaris)
2010 – 2014 : Dr. rer.nat. Eko Kusratmoko, MS (Ketua) dan Dra. M.H Dewi Susilowati (Sekretaris)
2014 – 2016 : Dr. Djoko Harmantyo, MS
2016 – 2018 : Dr. Eko Kusratmoko, MS
2018 – Sekarang : Dr. Supriatna, MT
Sejak tahun 1995, bekerjasama dengan Direktorat TISDA Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) yang dimotori oleh Dr. Ir. Indroyono Soesilo, M.Sc; Dr. Ir. Iwan Gunawan, M.Sc, Dr. Asep Karsidi, MS, dan Dr. Idwan Suhardi, M.Sc , Jurusan Geografi mendirikan sebuah pusat penelitian yang diberi nama Pusat Penelitian Geografi Terapan (PPGT) atau Center for Applied Geography Research. Drs. Cholifah Bahaudin, MA dan Drs. Sugeng Rahardjo, MS masing-masing terpilih sebagai Kepala dan Sekretaris PPGT yang pertama. Pusat ini telah berhasil menyelenggarakan beberapa penelitian, pelatihan dan pelayanan dalam berbagai kegiatan. PPGT secara aktif mengembangkan kerjasama penelitian dan pelatihan dengan berbagai instansi pemerintah dan swasta serta lembaga-lembaga internasional seperti World Bank, JICA, ADB, IEED, ESRI, UNIGIS, UN Habitat, MercyCorps, University of Sydney (Australia), dan University of Twente (Belanda).
Pada tahun 1996 Jurusan Geografi mulai merancang pendirian Program Magister bidang Ilmu Geografi. Persiapan ini melibatkan pakar Badan Pengkajian Penerapan Teknologi (BPPT) seperti Dr. Indroyono Soesilo, M.Sc, Dr. Iwan Gunawan, M.Sc, Dr. Asep Karsidi, MS, dan Dr. Idwan Suhardi serta pakar dari lembaga-lembaga terkait lainnya seperti Lembaga Ilmi Pengetahuan Indonesia/LIPI (Dr. Raldi H. Koestoer, M.Sc), Badan Pertanahan Nasional/BPN (Dr. Risnarto), Lembaga Antariksa Nasional/LAPAN (Prof. Dr. Sri Hardijanti Purwadhi, M.S), dan Badan Koordinasi Pemetaan Nasional/Bakosurtanal (Dr. Aris Poniman). Pertemuan dikoordinir oleh peer group yang diketuai oleh Prof. DR. I Made Sandy. Dua tahun kemudian, tepatnya pada bulan Mei 1998, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan menerbitkan Surat Keputusan tentang pembentukan Program Magister bidang Ilmu Geografi, yang selanjutnya disebut sebagai Program Magister Ilmu Geografi. Secara administrasi, program ini berada di bawah Program Pascasarjana UI (PPs UI). Bulan Juli 1998 Program Magister ini memulai kelas pertamanya di bawah pimpinan Dr. Djoko Harmantyo, MS (Ketua Program) dan Drs. Triarko Nurlambang, MA (Sekretaris Program).
Terhitung tanggal 1 Januari 2000 Jurusan Geografi menempati gedung baru berlantai empat, yaitu Gedung H FMIPA UI, yang dibangun dengan dana pemerintah. Pada tahun yang sama, seiring dengan pemberian status BHMN pada Universitas Indonesia (PP No 152 Tahun 2000 tanggal 26 Desember 2000), Jurusan Geografi diubah namanya menjadi Departemen Geografi. Seiring dengan itu, pengelolaan Program Magister dialihkan ke FMIPA UI melalui Departemen Geografi.
Hingga akhir tahun 2020, Program Sarjana Geografi tercatat telah menghasilkan lebih dari 2000 sarjana. Sementara itu, Program Magister Geografi yang berdiri sejak tahun 1998 telah menghasilkan lebih dari 200 master. Para lulusan bekerja baik sebagai pegawai pemerintah maupun swasta yang berhubungan dengan pengetahuan kegeografian seperti konsultan perencanaan kota dan wilayah, konsultan lingkungan, pengkajian kependudukan, pelayanan Sistem Informasi Geografis dan Penginderaan Jauh, serta banyak lagi.
Saat ini Departemen Geografi semakin dituntut untuk memberikan kontribusi nyata bagi masyarakat terutama melalui penerapan ilmu pengetahuan dan teknologi serta penyediaan SDM yang berkualitas. Adalah suatu tantangan besar bagi Departemen Geografi FMIPA UI untuk terus meningkatkan kapasitas dan reputasi menjadi salah satu referensi bagi institusi pendidikan lainnya dalam mengembangkan pendidikan geografi, terutama di Indonesia.